Der Film erzählt die Vorgeschichte Logans mit Augenmerk auf seine mysteriöse Vergangenheit, seine komplexe Beziehung zu Victor Creed (Liev Schreiber) und das ominöse Weapon X-Programm. Der Zuschauer erfährt, wer Wolverine wirklich ist. Woher kommen seine Klingen, sein Adamantium-Skelett und seine Selbstheilungskräfte? Was hat seine Persönlichkeit geprägt? Was steckt hinter seinem inneren Konflikt und seiner Rache?